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Nació en el Tocuyo (Estado Lara) el 19 de septiembre de 1.858. Sus padres fueron Rafael Alvarado y Gracia Benigna Marchena.

En 1.866 a la edad de 8 años, recibe de niño la primera y más decisiva influencia de su vida: el contacto con los clásicos y el conocimiento del latín en el Colegio La Concordia de El Tocuyo, regentado por su padrino y maestro Egidio Montesinos.

En 1.871 obtiene el título de bachiller en Filosofía en el Colegio Nacional de Varones de Trujillo.

En 1.877 José Gil Fortoul funda en el Tocuyo, el primer periódico impreso de esa ciudad, “El Aura Juvenil”. Lisandro Alvarado colabora frecuentemente en sus columnas. La falta de recursos económicos obliga a suspender sus estudios para trabajar como dependiente de una farmacia en Barquisimeto.

En 1.878, con tan sólo 20 años, se traslada a Caracas para cursar estudios de medicina. En la Universidad encuentra a Adolfo Ernst, profesor alemán en Botánica y Zoología, y Rafael Villavicencio, profesor de Historia Universal. Cursó Derecho Romano y Canónico, Mineralogía, Cálculo Superior y Medicina. Se inscribió en la Academia Militar de Matemáticas y asistió a Cátedra de Filosofía Intelectual del Colegio Santa María, regenta por el Dr. Elías Rodríguez.

En 1.881, por medio de Cecilio Acosta pudo conocer a José Martí quien tuvo una importante influencia en su visión de la vida y la ciencia.

En 1.882 se reúne junto a Zumeta, Revenga, López, Méndez, en la Sociedad “Amigos del Saber”. En la “Revista Venezolana” publica su primer ensayo. El 17 de junio de 1.884 se gradúa de bachiller en Ciencias Médicas, su tesis: “Indicaciones y Contraindicaciones de la punción en los quistes hidráticos del hígado”, “Tumores fibrosos del útero: patogenia, diagnóstico y tratamiento”.

El 2 de agosto del mismo año se gradúa de Doctor en Medicina con la tesis: “La Termometría es uno de la patología”, “Diagnostico de la hernia inguinal”.

En 1.886 figura entre los oradores del Colegio “San Agustín” (en Barquisimeto) y pronuncia un discurso en donde reafirma su posición católica, rechazando las concepciones científicas y filosóficas de sus profesores Ernst y Villavicencio.

Una vez doctorado en medicina; Lisandro Alvarado se radica en Ospino (Edo. Portuguesa) a ejercer su profesión. Contrae matrimonio con Amalia Rosa Acosta Zubillaga; con la que tiene 7 hijos.

En 1.888 se encarga de la Medicatura Rural de Guanare, estando el General Francisco Batalla en la presidencia del Estado Zamora (hoy Barinas). De Guanare fue enviado como Médico en Comisión al Tinaco, durante la epidemia de aquel año. En Guanare fue Rector del Colegio Nacional. En abril vuelve a Ospino.

En 1.890 por medio del General Batalla, Alvarado es nombrado Cónsul en Southampton. Viaja a Inglaterra. Renuncia muy pronto a ese cargo y regresa al país.

En 1.891 vuelve a Europa, esta vez a Londres, como delegado por Venezuela al séptimo Congreso de Higiene y Demografía. Allí fue nombrado miembro del Consejo Honorario Extranjero del Congreso. En ese mismo año recorre Europa y a su regreso al país es designado Médico Cirujano Mayor del Ejército del Centro. Pública en el “Radical” un artículo sobre los partidos políticos.

En 1.892 publica en El Cojo Ilustrado, “Arminio y Dorotea”. Para esta época redacta los estudios sobre “las Neurosis sobre hombres celebres de Venezuela” (1.893) y “Sobre las guerras civiles del país” (1.894).

En 1.900 publica sus “Observaciones sobre la revolución de 1.810 en Venezuela” y la primera parte de su trabajo sobre “Los delitos políticos en la Historia de Venezuela”.

Posteriormente, en 1.903, publica “Ideas sobre la evolución del español en Venezuela”; primero de una serie lexicográfica, única en la Venezuela de su tiempo.

En 1.919 el Ministro de Relaciones Exteriores, comisiona a Lisandro Alvarado para clasificar los informes sobre productos y mercados en los Llanos y los Andes. Posteriormente Lisandro Alvarado junto a Julio Salas, publica la primera revista de Temas Indígenas llamada “De Re Indica”.

En 1.920 regresa a Caracas, se residencia en el Calvario y empieza a trabajar en el Ministerio de Relaciones Exteriores, encargado de la Dirección de política Comercial por intermedio de Santiago Key Ayala. Forma parte de la redacción de la Revista “Cultura Venezolana”, donde hizo labor de crítica. Entre los que analizó, están: “Buscando el camino”, de Picón Salas; “Alba de Oro”, “Poesías de Gonzalo Carnevalli" ; “Etnografía Americana”, de J. Salas; “Los de abajo”; de Mariano Azuela.

El 21 de junio de 1.921 fue condecorado por el gobierno. El 30 de julio de ese mismo año recibió la Orden Libertador Tercera Clase por el Gobierno de Venezuela. Se publica en Caracas el “Glosario de voces indígenas”. El 10 de noviembre es electo Miembro Honorario Extranjero de la Sociedad Américana de París.

El 23 de abril de 1.922 pronuncia su discurso de incorporación como Individuo de Número de la Real Academia de la Lengua “La poesía Lírica en Venezuela en el último Tercio del siglo XIX”. El 2 de julio le fue concedido el Grado de Comendador de la Real Orden de Isabel La Católica del Gobierno Español, otorgado por Alfonso XIII.

El 29 de abril de 1.923 se incorpora a la Real Academia Nacional de la Historia como Individuo de Número en el discurso “Movimiento Igualitario en Venezuela” el cual fue contestado por Laureano Vallenilla Lanz.

El 26 de enero de 1.925 recibió la Medalla de Honor de la Instrucción Pública en Caracas. Publica en la Revista Elite “Ifigenia”. Prologa el Poemario de Roberto Montesinos. Para este mismo año sufre un ataque de hemiplejía. Después de recuperarse, publica el libro de Henri Pittier “Manual de las Plantas Usuales de Venezuela”.

El 10 de abril de 1.929 muere en Valencia.

Sus Obras Completas en 8 volúmenes comenzaron a ser publicados en 1.958; sin embargo, queda todavía una colección inédita de sus manuscritos en custodia de la Academia Nacional de la Historia. Sus restos reposan en el Panteón Nacional desde el 14 de mayo de 1.980.